העונה הרביעית שודרה ב-15 בדצמבר 2021 – 5 במרץ 2022. המנצח היה שוב יובל שמלא שניצח בפעם השלישית וגם עבר את הר המידוריאמה ב-26 שניות וזכה בתואר הנינג'ה הישראלי הראשון וה-16 בעולם. למקום השני הגיע יוגב מלכה, שגם כן עבר את ההר בפחות מ-30 שניות, רק שלוש שניות יותר משמלא (29 שניות), אל המקום השלישי הגיע ישי כלפון שגם טיפס על המידוריאמה, אך איחר ב-6 שניות. גמר העונה הרביעית היה הנצפה בהיסטוריה של "נינג'ה ישראל" עם 26.1% רייטינג.

על המתמודדים להשלים את מסלול המכשולים בזמן הקצר ביותר. כשנופלים מהמסלול אל הבריכה או נוגעים במים – נפסלים. המתמודדים מדורגים על פי שקלול של זמן הביצוע והמכשול האחרון, כך שככל שהמכשול האחרון רחוק יותר, המתמודד ידורג גבוה יותר. בשלב המוקדמות, המתמודדים עם הדירוג הגבוה ביותר בכל מקצה יעלו לשלב חצי הגמר (גם מתמודדים שנפלו למים ייתכן בשבילם סיכוי לעלות לחצי הגמר אם הם מדורגים במקומות הראשונים). בשלב חצי הגמר המתמודדים עם הדירוג הגבוה ביותר בכל מקצה יעלו לשלב הגמר. יש גם אפשרות שמתמודדים לא נפלו למים וסיימו את המסלול ולא עולים לשלב הבא מפני שהם עושים את זה בזמן איטי מידי.